Alt biomedisinsk avfall som skal autoklaveres må først legges i en godkjent og merket autoklavpose. Skarper som nåler og skalpeller må legges i en godkjent, merket beholder for skarpe kanter før de steriliseres. Ikke plasser skarpe pipetter eller knust glass i posen. Dette avfallet bør legges i esker eller bøtter og autoklaveres, eller steriliseres med et flytende steriliseringsmiddel som 10 % natriumhypokloritt. Biomedisinsk avfall som skal steriliseres i autoklav må ha en indikator som beviser at avfallet er autoklaveret før det kan kastes. Mange autoklavposer kommer med en indikator som viser "AUTOKLAVET" når steriliseringssyklusen er fullført. Indikatorer må påføres esker og tønner før de autoklaveres og legges i beholderen. Potensielt smittefarlig avfall skal merkes «biohazard» og ha en biohazard-etikett festet til beholderen. Ved sterilisering av ikke-farlige materialer som essensielle dyreforsøk, kulturmedier og laboratorieutstyr i et sterilt miljø, er umerkede vanlige beholdere tilstrekkelig.
Før start bør ca. 50 ml – 100 ml vann legges i autoklavposen for å lette damputviklingen i posen. Hvis dette vannet er naturlig tilstede i lasten, er det ikke nødvendig å tilsette ekstra vann. Autoklavposer bør pakkes godt inn for å forhindre søl hvis de oppstår. Men hvis tapen pakkes for stramt, kan det bygge seg opp damptrykk inne i posen, noe som får den til å sprekke. Ikke doble søppelsekkene dine. Autoklavposer er designet for å være gjennomtrengelige for damp, men en dobbel pose vil hindre dampstrømmen gjennom posen. Ikke overfyll posen eller autoklaven, da dårlig dampstrøm kan forstyrre steriliseringsprosessen. Det er best å ikke legge posen direkte inn i autoklaven. De bør plasseres på brett av rustfritt stål eller polypropylen.
Ved autoklavering av væsker, fyll ikke beholderen mer enn 75 % full. Dette vil sikre at væsken har plass til å utvide seg når den varmes opp. Fordi bruken av damp tilsteriliserevæsker kan være problematiske, det er best å bruke kjemiske midler for å sterilisere flytende avfall hvis mulig. Hvis forskere velger å bruke damp til å sterilisere væsker, må beholderen som inneholder væsken tåle autoklaveforhold. Borosilikatglass eller polypropylenbeholdere kan brukes. Sørg for å løsne lokket på beholderen for å bygge opp trykk under prosessen. Under autoklavering, plasser alltid løse glassvarer og væskebeholdere i sekundære beholdere. Bruk tykke, varmebestandige hansker, vernebriller og et gummiforkle når du fjerner væske fra autoklaven. For væskebelastninger må autoklavens ventilasjonssyklus stilles inn veldig sakte. Dette gir væsken tid til å kjøle seg ned under 100 grader, slik at den ikke koker når trykket synker. Etter at kjøringen er fullført, åpner du døren sakte og går tilbake til dampen har renset ut.
